هناك الكثير من القضايا التي تصدى لها السيد فضل الله، وشن فيها التكفيريون حملات وحربا فكرية وتكفيرية ضد السيد فضل الله، فقد روج الدين الإيراني وأزلامه من المرتزقة المندسين، قضية كسر ضلع الزهراء من قبل أبوبكر الصديق وعمر بن الخطاب وإسقاط جنينها، استكمالا لقضية الفتنة الأولى بين المؤمنين. الا ان السيد فضل الله تصدى بكل جرأة وشجاعة لهذه القضية. ولم يرض أن يرى الباطل ويسكت عليه، لأنه شجاع الرأي كآبائه الأئمة. ولأنه يعرف أن تسويق هذه الكذبة يستهدف جده الإمام علي بالدرجة الأولى ويسعى لإهانته والانتقاص منه والعياذ بالله. وهناك الكثير من الحواث التي ابتدعها المجوس وأزلامهم من أئمة التكفير والشركيات.
لهذا إن أئمة التكفير كانوا قد انتقدوا السيد فضل الله، فأصدروا عددا من الفتاوى والبيانات الموجهة ضد فضل الله، وقد وصفوه بـ “الضال المضل”، وحرموا على الشيعة تقليده، وقراءة كتبه والترويج لها. وكذلك أحد المرجع انتقد فضل الله، وعبر في إحدى رسائله عن عقيدة فضل الله بأنها (إضلال عن سبيل الله وإفساد في العقائد الحقة) اضله الله عن هدى الله وتقواه.
لقد آمن السيد بأن المرجع مسؤول أمام المجتمع، وأنّه يحقّ للمجتمع أن ينتقده، رافضاً كل أشكالِ التقديس لشخص المرجع، كما يفعل البابا الفقيه. ولذا رأى أن على المرجع أن يجيب المجتمع عن تساؤلاته حتى في قضاياه الشخصية في ما يتصل بموقعه، لأنّه بموقعه لا يعود يملك نفسه، وعليه أن يقدّم حساباته للأمّة، انطلاقاً من قول الإمام علي عليه السلام: “لا تكلّموني بما تكلَّم به الجبابرة، ولا تتحفظوا بي بما يُتحفّظ به عند أهل البادرة، ولا تظنّوا بي استثقالاً لحق قيل لي، ولا لعدلٍ يعرض عليّ، فإنه من استثقل الحق أن يقال له والعدل أن يُعرض عليه كان العمل بهما عليه أثقل، فلا تكفّوا عن مشورة بحق أو مقالة بصدق فإنني لست في نفسي - بفوق أن أخطئ إلا أن يكفي الله منّي ذلك”، وهو ما يتناقض مع ما يفعله البابا الفقيه وتكبره وجبروته على الناس، من خلال نظرية البابا الفقيه، بدعم من المخبولين والمستعربين ممن يتلذذون بسادية المجوس لهم، ناسفين كلمات الامام علي عليه السلام وواضعينها خلف ظهورهم من أجل نظرية البابا الفقيه. فسلام عليك أيها السيد يوم ولدت، وسلام عليك يوم كنت معنا، وسلام عليك عندما اختارك الله في جناته، وجعل الله قبرك روضة من رياض الجنة. اللهم ارحمه واغسله بالماء والثلج والبرد.. اللهم آمين.