بعد نجاحه في سرقة الثورة الشعبية الإيرانية التي أطاحت بدكتاتورية الشاه وتأسيس الجمهورية الإسلامية تحت حكومة ثيوقراطية برئاسته، لجأ الخميني إلى تصفية التيارات والشخصيات العلمانية التي كانت تطمح بجمهورية شعبية ديمقراطية تعددية تفصل بين الدين والدولة، ولم ينجح الخميني تمام النجاح في القضاء على العلمانيين والليبراليين واليساريين الذين هرب الكثير منهم إلى الخارج ليواصل من هناك هذه المرة النضال ضد دكتاتورية الشاه المعمم، كما أن بعض مؤيدي الخميني والسائرين في ركابه ومناهج وبرامج وسياسات ولاية الفقيه تنصلوا من طموحات الخميني وانسحبوا من صفوف الحزب الإسلامي والجماعات التابعة للمشروع الخميني، وكان قسم من هؤلاء من رجال الدين عندما بدأت ردود فعل الخميني.
كانت ردود فعل عنيفة في عام 1998 مع سلسلة من الانتقام ضد القياديين المعتدلين، وفي تلك السنة، قتل اثنان من الزعماء الإصلاحيين في منزليهما، وتم اكتشاف جثتي كاتبين معارضين في منطقتين مختلفتين من طهران، قتلوا، كما يعتقد على نطاق واسع، من قبل الأجهزة الأمنية.

في عام 1981، قال أحد أحفاد الخميني لشبكة “بي بي سي”، إن النظام الحالي “أسوأ من حكومة الشاه والمغول”، واتهم نظام بلاده بـ “قتل الناس وسجنهم بلا سبب”.

وعبّأ رجال الدين حشوداً كبيرة ومتنوعة في الشوارع، ولكن حتى أولئك الذين ساروا للثورة تحت راية المبادئ الدينية والذين صوتوا في ما بعد لإنشاء جمهورية إسلامية لم يتوقعوا الاستبداد والتطرف الديني اللذين سيؤسّسهما رجال الدين في ما بعد.

2665 سجيناً سياسياً أُعدموا خلال ستة أشهر، في 1981 ومازال العالم
مصدوما بمجزرة 1988 التي نفذها الملالي وفق فتوى لخميني أعدم بسببها أكثر من ثلاثين ألف سجين من المعارضة الإيرانية.