ازدادت سرعة كرة الخلافات المتفاقمة بين مجلس إدارة الأوقاف الجعفرية ووزير العدل والشؤون الإسلامية والأوقاف برفع مجلس إدارة الأوقاف الجعفرية خطابًا إلى جلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة يطلب فيه رئيس المجلس الشيخ محسن العصفور وأعضاؤه من جلالته توجيه وزير العدل والشؤون الإسلامية والأوقاف الشيخ خالد بن علي بعدم التدخل بقرارات وشؤون الأوقاف. وتضمنت الرسالة 23 ملاحظة ضد قرارات الوزير ومن جملتها رفض الالتقاء بأعضاء المجلس بعد صدور الأمر السامي بتعيين المجلس الحالي، وأول لقاء كان بعد 8 أشهر ولم يتكرر سوى مرتين على امتداد 5 سنوات.
وكذلك منع قضاة المحاكم الشرعية الدائرة الجعفرية من إصدار أي وقفية لبناء مساجد ومآتم جديدة لأبناء الطائفة الجعفرية أو أوقاف استثمارية عليها وعلى سائر الشؤون الخيرية، والامتناع عن تسليم نسخ من الوقفيات القديمة للأوقاف الجعفرية بناء على ما ورد من ملاحظات في تقارير ديوان الرقابة المالية وذلك لإخضاعها لسلطة وإشراف إدارة الأوقاف الجعفرية على الرغم من وجود مراسلات في الموضوع واتصالات تفيد بإنجاز الطلب، ثم رفض التسليم بشكل مفاجئ.
والمماطلة والتسويف والتعطيل لملف إصدار أمر ملكي باستخراج وثائق ملكية حديثة لدور العبادة القائمة والمقابر التي لم يسبق أن صدرت لها، وقد تم حصرها ورفع جميع ملفاتها للديوان الملكي العامر الذي أحالها بدوره إلى وزارة العدل للمراجعة قبل أكثر من سنتين، وعدم السماح لإدارة الأوقاف الجعفرية بشراء العقارات لزيادة الأصول الوقفية أو التي تكون بنية توسعة المآتم والمساجد الحالية بحسب حاجة كل منطقة لاستيعاب الكثافة السكانية المتنامية.
وعدم التعاون لمخاطبة الجهات المعنية في الإسكان والبلديات بتخصيص أراضٍ لإقامة دور العبادة (المساجد والمآتم)، وتجاهل الرد على طلبات التخصيص، والإضافة على ذلك من خلال تشكيل لجنة تنفيذ توصيات اللجنة، وعدم استخراج وثائق مُلكية المساجد الواردة في تقرير اللجنة البحرينية المستقلة لتقصي الحقائق على الرغم من الانتهاء من تشييدها والإعلان عن تصحيح أوضاعها القانونية والرسمية على خلاف الحقيقة والواقع.
ومصادرة حق الإدارة في استقبال شخصيات السلك الدبلوماسي المعتمدين في البحرين من السفراء وغيرها من ملاحظات كثيرة وردت في الرسالة المرفوعة إلى جلالة الملك.