أوردت الحكومة في مذكرتها حول المشروع بقانون المقدم من مجلس النواب بشأن نظام ضريبة الدخل على الاستثمارات الأجنبية ملاحظات جاءت على النحو الآتي: 

الملاحظة الأولى: تعارض مشروع القانون الماثل مع المرسوم بقانون رقم (21) لسنة 2001 بإصدار قانون الشركات التجارية الذي اعتبر جميع الشركات التي تؤسس في مملكة البحرين أو كان مركزها الرئيسي فيها شركات بحرينية الجنسية. 

حيث تنص المادة (4) من المرسوم بقانون رقم (21) لسنة 2001 بإصدار قانون الشركات التجارية على أن: "تخضع لأحكام هذا القانون كل شركة تجارية أياً كان نوعها، أسست في دولة البحرين أو كان مركزها الرئيسي فيها. 

ويجوز استثناء من بعض أو كل أحكام هذا القانون أن تؤسس بموجب مرسوم أو قانون شركات بين حكومات دول أخرى أو بين حكومة دولة البحرين ودولة أو دول اخرى. 

وكل شركة تؤسس في دولة البحرين يجب أن تتخذ فيها موطنها وتكون هذه الشركة بحرينية الجنسية ولكن لا يستتبع ذلك بالضرورة تمتع الشركة بالحقوق المقصورة على البحرينيين.  

ومؤدى هذا النص أن المشرع البحريني اعتبر أن جميع الشركات التي تؤسس في مملكة البحرين أو كان مركزها الرئيسي فيها تكون بحرينية الجنسية، وذلك دون النظر إلى جنسية الشركاء أو وصف رأس المال بالأجنبي أو الوطني.  

هذا، ومن حيث إن مشروع القانون الماثل قد عرف المكلف بأنه "أي شخص طبيعي أو اعتباري غير بحريني يمارس نشاطه بإقليم مملكة البحرين ويخضع للضريبة وفقاً لأحكام هذا القانون"، كما عرف الشركة بأنها "أي شركة من الشركات المنصوص عليها في قانون الشركات التجارية الصادر بالمرسوم بقانون رقم (21) لسنة 2001". 

ومن ثم فإن الأحكام التي جاء بها مشروع القانون الماثل لا تسري على الشركات التي أسست أو تؤسس في مملكة البحرين أو كان مركزها الرئيسي فيها باعتبارها شركات بحرينية الجنسية عملاً بصريح نص المادة (4) من قانون الشركات التجارية الصادر بالمرسوم بقانون رقم (21) لسنة 2001 سالفة البيان، وبمفهوم المخالفة لتعريف "المكلف " الوارد في المادة (1) من مشروع القانون الماثل، في حين أن مشروع القانون المائل عندما عرف "الشركة" في المادة (1) المشار إليها عرفها بأنها أي شركة من الشركات المنصوص عليها في قانون الشركات التجارية والتي هي بطبيعة الحال بحرينية الجنسية عملاً بصريح نص المادة (4) من القانون 

الأخير. 

فخلاصة القول إن مشروع القانون الماثل شابه التعارض بين مفهوم المكلف - حينما عرفه بأنه أي شخص طبيعي أو اعتباري غير بحريني من ناحية، وبين تعريف الشركة الوارد في ذات مشروع القانون ونص المادة (4) من قانون الشركات التجارية من ناحية أخرى. 

الملاحظة الثانية: التفرقة بين الاستثمارات الأجنبية والاستثمارات الوطنية - فيما يخص الخضوع للضريبية - يتعارض مع سياسة الاقتصاد الحر التي تتبناها مملكة البحرين: حيث تحرص مملكة البحرين على توفير مناخ اقتصادي حر يعزز قدرتها التنافسية في المجالين الاقتصادي والتنموي، ومن ثم فإن فرض ضريبة على الاستثمارات الأجنبية يتطلب الاخذ في الاعتبار عدة معطيات أهمها: 

أولاً: ضرورة إجراء دراسة متأنية للتحقق من توافق النظام الضريبي المستحدث مع التوجهات الاقتصادية للمملكة، للوقوف على مدى انعكاساته على الاقتصاد الوطني، وما إذا كان من شأنه أن يترك أثاراً سلبية على جاذبية وتنافسية المملكة في المنطقة من عدمه.  

ثانياً: ضرورة - حال النظر في الفلسفة التشريعية لمشروع القانون المائل الأخذ في الحسبان حرص المملكة على استقطاب رؤوس الأموال وخلق المناخ الملائم لتشجيع وحماية الاستثمار، وارتباط المملكة بالعديد من الاتفاقيات الدولية والثنائية حول حماية وتشجيع الاستثمار والإعفاء المتبادل من الضرائب، وكذلك اتفاقيات إقامة مناطق التجارة الحرة، بالإضافة إلى الاتفاقيات المبرمة في إطار كل من مجلس التعاون لدول الخليج العربي، وجامعة الدول العربية، ومنظمة المؤتمر الإسلامي المتعلقة بهذا الشأن.  

ثالثاً: الوقوف على جدوى سن قانون يفرض ضريبة على الاستثمارات الأجنبية دون غيرها في ضوء تتمتع الأغلبية العظمى من هذه الاستثمارات بالإعفاء الضريبي بموجب الاتفاقيات الدولية والثنائية المشار إليها آنفاً. فإذا ما كانت هناك شريحة من المستثمرين الأجانب لم تبرم دولهم مع المملكة اتفاقيات تتعلق بالإعفاء الضريبي فإن هذه الشريحة صغيرة جداً، وبالتالي فإن الحصيلة المتوقعة ستكون من الضالة التي لا تكفي لتغطية نفقات جبايتها. 

رابعاً: على صعيد التشريعات المقارنة - وبخاصة دول مجلس التعاون لدول الخليج العربية فإن الدول التي سنت قوانين تفرض ضريبة الدخل على النشاط الاقتصادي لم تميز بين المستثمر الأجنبي والمستثمر الوطني، وإنما جاءت قواعد فرض الضريبة عامة مجردة إعمالاً لفكرة العدالة الضريبية. 

ويهدف التعديل التشريعي وفقا للمذكرة الايضاحية إلى تحقيق دخل إضافي لصالح الموازنة العامة للمملكة، وتنويع مصادر الدخل، وتخفيف الاعتماد على موارد النفط، وحفظ حق الأجيال القادمة في هذه الموارد وتحقيق العدالة النسبية بين ممارسة الأجانب للنشاط التجاري في المملكة، وحجم الأرباح التي يحققونها دون مساهمة فعالة في التكاليف العامة والتخفيف من الأثر السلبي لتحويل الأجانب لأرباحهم خارج المملكة وتحقيق المعاملة بالمثل، حيث إن كثير من الدول التي يتمتع رعاياها بالإعفاء الضريبي في المملكة لا تقديم ذات المعاملة للمستثمرين البحرينيين فيها بل تنقلهم بالضرائب المتنوعة. 

ويتألف مشروع القانون الماثل فضلاً عن ديباجته- من سبع وأربعين مادة مقسمة على تسعة أبواب؛ تناول الباب الأول تعاريفاً لبعض الكلمات والعبارات الواردة في مشروع القانون وتناول الباب الثاني بيان مصادر الدخل الخاضع للضريبة، كما تناول الباب الثالث الأحكام المنظمة لآلية احتساب الدخل الخاضع للضريبة، وجاء الباب الرابع متناولاً الأحكام المنظمة للإقرارات الضريبية وسداد الضريبة، أما الباب الخامس فقد نظم الربط الضريبي وتناول الباب السادس الإعفاءات الضريبية، ونظم الباب السابع إجراءات التظلم والطعن في حين تناول الباب الثامن العقوبات، وأخيراً تناول الباب التاسع الأحكام العامة.